Bioclipse edita y diseña estructuras biológicas para la investigación en general aunque se ha desarrollado especialmente para el estudio de cadenas de proteínas, moléculas, etc.
Bioclipse ofrece funcionalidades avanzadas en campos como el de la quimioinformática, la bioinformática, la web semántica, análisis de espectro, el descubrimiento de medicamentos, evaluación de la seguridad, la educación y la química general.