Editor de imágenes biomédicas multidimensionales

BioImageXD
Gratis
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http://www.bioimagexd.net/

BioImageXD es un paquete de software libre, de código abierto, para el análisis, procesamiento y visualización de imágenes microscópicas multidimensionales.

¿Qué es BioImageXD?
BioImageXD es un paquete de software gratuito de código abierto para analizar, procesar y visualizar imágenes de microscopía multidimensional. Es un proyecto colaborativo, diseñado y desarrollado por microscopistas, biólogos celulares e ingenieros de software de las universidades de Jyväskylä y Turku en Finlandia, el Instituto Max Planck CBG en Dresden, Alemania y colaboradores en todo el mundo. BioImageXD se publicó en la edición de julio de 2012 de Nature Methods.

Implementación
BioImageXD está escrito en Python y C ++, usando wxPython para la GUI, y aprovecha el poder del Kit de herramientas de visualización (VTK) para el procesamiento de imágenes multidimensionales y la representación 3D. BioImageXD también utiliza el kit de herramientas de registro y segmentación de Insight (ITK) para la segmentación y otras tareas de procesamiento de imágenes. BioImageXD funciona en Linux (o teóricamente en cualquier sistema operativo tipo UNIX con wxPython, VTK e ITK), Mac OS X 10.6 / 10.7 y Windows XP, Vista y 7. Están disponibles versiones de 32 bits y 64 bits. La primera versión beta de BioImageXD se lanzó en febrero de 2006 y la versión 1.0 en julio de 2012.

Características principales de BioImageXD
BioImageXD es una herramienta multipropósito de postprocesamiento para bioimagen. El software se puede utilizar para la visualización simple de pilas de imágenes temporales multicanal para la representación 3D compleja de múltiples canales a la vez. Las animaciones de representaciones en 3D se pueden crear fácilmente utilizando rutas de vuelo de cámara virtual o fotogramas clave. Las herramientas de procesamiento de imágenes incluyen deconvolución, registro y decenas de herramientas para procesamiento matemático y lógico y reducción de ruido. Las herramientas de análisis cubren enfoques basados ​​en objetos y en voxel, por ejemplo, con herramientas versátiles para el análisis de colocalización, numerosos métodos de segmentación con análisis numéricos elaborados y un algoritmo avanzado de seguimiento de movimiento. Todos los métodos de procesamiento y análisis pueden integrarse en tuberías y ejecutarse para cientos de conjuntos de datos a la vez con el Procesador por lotes, y pueden crearse datos de imagen simulados para la validación del método. BioImageXD presenta una interfaz gráfica de usuario intuitiva, diseñada para permitir una calidad y control científicos precisos y un procesamiento de imágenes de alto rendimiento.

Características de BioImageXD:

BioImageXD General

  • Gratis y de código abierto
  • Todas las funciones admiten datos de series temporales 3D (4D)
  • Canalizaciones de comando y procesamiento por lotes sin programación
  • Las descripciones de funciones en pantalla y la codificación de colores ayudan en el uso
  • Aprovecha VTK e ITK

Soporte de tipo de archivo BioImageXD

  • Carl Zeiss LSM
  • Olympus OIF
  • Leica TXT y LIF
  • BioRad PIC
  • MRC
  • Interfile
  • TIFF, PNG, JPEG, BMP (lectura y escritura)
  • OME-TIFF (lectura y escritura)
  • VTK XML (escritura)
  • Formatos internos de BioImageXD (lectura y escritura)

Modos de visualización de imágenes BioImageXD

  • Rebanadas
  • Galería
  • Secciones ortogonales
  • Proyección de intensidad máxima y media
  • Representación 3D (interactiva y de calidad completa, se pueden mostrar varios módulos al mismo tiempo)

Módulos 3D BioImageXD

  • Representación de volumen (proyección de rayos de software y mapeo de texturas OpenGL)
  • Renderizado de superficie
  • Rodajas Ortogonales
  • Visualización de pistas de movimiento.
  • Recorte con avión y caja
  • Pandeo
  • Visualización de archivos de Protein Data Bank (PDB)
  • Mediciones de ejes, ángulos y distancias

BioImageXD Animator

  • Crea videos de cualquier escena renderizada en modo 3D
  • Admite dos técnicas combinables: trayectoria de vuelo de cámara virtual y fotogramas clave
  • Interfaz de usuario basada en la pista

BioImageXD Análisis cuantitativo

  • Análisis de colocalización (vóxel y objeto)
  • Métodos de segmentación 3D
  • Separación de objetos
  • Análisis de objetos
  • Rastreo de movimiento
  • Análisis de internalización
  • Análisis de la región de interés (ROI)
  • Análisis de recuperación de fluorescencia después del blanqueamiento fotográfico (FRAP)

Procesamiento de imagen BioImageXD

  • Ajuste de color, brillo, contraste y gamma
  • Fusionar canales de datos en imágenes en color
  • Métodos de filtrado de ruido y sustracción de fondo.
  • Operaciones morfológicas, lógicas y aritméticas.
  • Transformadas de Fourier
  • Métodos de detección de funciones
  • Métodos de registro
  • Desconvolución
  • Corrección de lejía fluorescente
  • Ajustes gráficos de la función de transferencia de color e intensidad

Procesador por lotes BioImageXD

  • Admite múltiples tuberías de procesamiento en paralelo
  • Admite casi cualquier operación en BioImageXD
  • Produce imágenes de resultados y agrega estadísticas de resultados seleccionados en hojas de cálculo para su posterior procesamiento

Otro

  • Cambio de tamaño y remuestreo de imagen
  • Edición de paleta (tabla de consulta de colores)
  • Generación de datos simulados para la validación de métodos.