Avogadro es una software que dibuja en tres dimensiones diferentes composiciones moleculares mostrando todas las perspectivas posibles.
Lo mejor de este programa se encuentra en la manipulación y animación de las moléculas que se pueden dibujar. Simplemente usando los botones del ratón o girando las barras de desplazamiento de los tres ejes, situaremos el diseño en cualquier posición. También se puede hacer que la pieza gire en cualquier sentido y dirección.
En definitiva, lo más destacable del software Avogadro es su visualizador, aunque también se puedan dibujar varias estructuras y guardarlas en archivos.
Antecedentes | Software Avogadro
El software Avogadro ha desarrollado un editor y visualizador de moléculas avanzado diseñado para uso multiplataforma en química computacional, modelado molecular, bioinformática, ciencia de materiales y áreas relacionadas. Ofrece una representación flexible de alta calidad y una potente arquitectura de complementos. Los usos típicos incluyen construir estructuras moleculares, formatear archivos de entrada y analizar la salida de una amplia variedad de paquetes de química computacional. Al utilizar el formato de archivo CML como su tipo de documento nativo, Avogadro busca mejorar la accesibilidad semántica de los tipos de datos químicos.
Resultados | Software Avogadro
El trabajo presentado aquí detalla la biblioteca del software Avogadro, que es un marco que proporciona una biblioteca de códigos y una interfaz de programación de aplicaciones (API) con capacidades de visualización tridimensional; y tiene aplicaciones directas a la investigación y educación en los campos de la química, física, ciencia de los materiales y biología. El software Avogadro proporciona una interfaz gráfica rica que utiliza complementos cargados dinámicamente a través de la propia biblioteca. La aplicación y la biblioteca pueden ampliarse mediante la implementación de un módulo de complemento en C ++ o Python para explorar diferentes técnicas de visualización, construir / manipular estructuras moleculares e interactuar con otros programas. Describimos algunas extensiones de ejemplo, una que usa un algoritmo genético para encontrar estructuras cristalinas estables, y otra que interactúa con el programa PackMol para crear estructuras empaquetadas y solvatadas para simulaciones de dinámica molecular. La serie de versiones 1.0 del programa Avogadro es el foco principal de los resultados discutidos aquí.
Conclusiones | Software Avogadro
El programa Avogadro ofrece un constructor químico semántico y una plataforma para visualización y análisis. Para los usuarios, ofrece un generador fácil de usar, soporte integrado para descargar desde bases de datos comunes como PubChem y Protein Data Bank, extraer datos químicos de una amplia variedad de formatos, incluida la producción de química computacional, y soporte semántico nativo para El formato de archivo CML. Para los desarrolladores, se puede extender fácilmente a través de un poderoso mecanismo de complemento para admitir nuevas características en química orgánica, complejos inorgánicos, diseño de medicamentos, materiales, biomoléculas y simulaciones.
