BioImageXD es un paquete de software libre, de código abierto, para el análisis, procesamiento y visualización de imágenes microscópicas multidimensionales.

¿Qué es BioImageXD?
BioImageXD es un paquete de software gratuito de código abierto para analizar, procesar y visualizar imágenes de microscopía multidimensional. Es un proyecto colaborativo, diseñado y desarrollado por microscopistas, biólogos celulares e ingenieros de software de las universidades de Jyväskylä y Turku en Finlandia, el Instituto Max Planck CBG en Dresden, Alemania y colaboradores en todo el mundo. BioImageXD se publicó en la edición de julio de 2012 de Nature Methods.

Implementación
BioImageXD está escrito en Python y C ++, usando wxPython para la GUI, y aprovecha el poder del Kit de herramientas de visualización (VTK) para el procesamiento de imágenes multidimensionales y la representación 3D. BioImageXD también utiliza el kit de herramientas de registro y segmentación de Insight (ITK) para la segmentación y otras tareas de procesamiento de imágenes. BioImageXD funciona en Linux (o teóricamente en cualquier sistema operativo tipo UNIX con wxPython, VTK e ITK), Mac OS X 10.6 / 10.7 y Windows XP, Vista y 7. Están disponibles versiones de 32 bits y 64 bits. La primera versión beta de BioImageXD se lanzó en febrero de 2006 y la versión 1.0 en julio de 2012.

Características principales de BioImageXD
BioImageXD es una herramienta multipropósito de postprocesamiento para bioimagen. El software se puede utilizar para la visualización simple de pilas de imágenes temporales multicanal para la representación 3D compleja de múltiples canales a la vez. Las animaciones de representaciones en 3D se pueden crear fácilmente utilizando rutas de vuelo de cámara virtual o fotogramas clave. Las herramientas de procesamiento de imágenes incluyen deconvolución, registro y decenas de herramientas para procesamiento matemático y lógico y reducción de ruido. Las herramientas de análisis cubren enfoques basados en objetos y en voxel, por ejemplo, con herramientas versátiles para el análisis de colocalización, numerosos métodos de segmentación con análisis numéricos elaborados y un algoritmo avanzado de seguimiento de movimiento. Todos los métodos de procesamiento y análisis pueden integrarse en tuberías y ejecutarse para cientos de conjuntos de datos a la vez con el Procesador por lotes, y pueden crearse datos de imagen simulados para la validación del método. BioImageXD presenta una interfaz gráfica de usuario intuitiva, diseñada para permitir una calidad y control científicos precisos y un procesamiento de imágenes de alto rendimiento.

Características de BioImageXD:

BioImageXD General

Gratis y de código abierto
Todas las funciones admiten datos de series temporales 3D (4D)
Canalizaciones de comando y procesamiento por lotes sin programación
Las descripciones de funciones en pantalla y la codificación de colores ayudan en el uso
Aprovecha VTK e ITK

Soporte de tipo de archivo BioImageXD

Carl Zeiss LSM
Olympus OIF
Leica TXT y LIF
BioRad PIC
MRC
Interfile
TIFF, PNG, JPEG, BMP (lectura y escritura)
OME-TIFF (lectura y escritura)
VTK XML (escritura)
Formatos internos de BioImageXD (lectura y escritura)

Modos de visualización de imágenes BioImageXD

Rebanadas
Galería
Secciones ortogonales
Proyección de intensidad máxima y media
Representación 3D (interactiva y de calidad completa, se pueden mostrar varios módulos al mismo tiempo)

Módulos 3D BioImageXD

Representación de volumen (proyección de rayos de software y mapeo de texturas OpenGL)
Renderizado de superficie
Rodajas Ortogonales
Visualización de pistas de movimiento.
Recorte con avión y caja
Pandeo
Visualización de archivos de Protein Data Bank (PDB)
Mediciones de ejes, ángulos y distancias

BioImageXD Animator

Crea videos de cualquier escena renderizada en modo 3D
Admite dos técnicas combinables: trayectoria de vuelo de cámara virtual y fotogramas clave
Interfaz de usuario basada en la pista

BioImageXD Análisis cuantitativo

Análisis de colocalización (vóxel y objeto)
Métodos de segmentación 3D
Separación de objetos
Análisis de objetos
Rastreo de movimiento
Análisis de internalización
Análisis de la región de interés (ROI)
Análisis de recuperación de fluorescencia después del blanqueamiento fotográfico (FRAP)

Procesamiento de imagen BioImageXD

Ajuste de color, brillo, contraste y gamma
Fusionar canales de datos en imágenes en color
Métodos de filtrado de ruido y sustracción de fondo.
Operaciones morfológicas, lógicas y aritméticas.
Transformadas de Fourier
Métodos de detección de funciones
Métodos de registro
Desconvolución
Corrección de lejía fluorescente
Ajustes gráficos de la función de transferencia de color e intensidad

Procesador por lotes BioImageXD

Admite múltiples tuberías de procesamiento en paralelo
Admite casi cualquier operación en BioImageXD
Produce imágenes de resultados y agrega estadísticas de resultados seleccionados en hojas de cálculo para su posterior procesamiento

Otro