Serial Cloner ha sido desarrollado para proporcionar una potente solución de biología molecular a sus usuarios, de forma gratuita.
Visión general:
Serial Cloner ha sido desarrollado para proporcionar un software de biología molecular ligero pero potente para usuarios de Macintosh y Windows. También se distribuye una versión de Linux. Serial Cloner lee y escribe archivos compatibles con DNA Strider e importa y exporta archivos en el formato universal FASTA. Serial Cloner también importa archivos guardados en los formatos Vector NTI, MacVector, ApE, DNAstar, pDRAW32 y GenBank. También se admite la importación desde el formato de múltiples archivos de VectorNTI. Potentes herramientas de visualización gráfica e interfaces simples ayudan a los pasos de análisis y construcción de una manera muy intuitiva. Serial Cloner 2.5, maneja las anotaciones y características tanto en la secuencia como en el mapa gráfico y puede escanear automáticamente las características de la secuencia.
Una interfaz intuitiva:
Todas las herramientas que necesita para analizar y manipular sus secuencias están disponibles en un concepto de ventana todo en uno. Seleccione numéricamente fragmentos, encuentre sitios de restricción, ORF o cualquier secuencia de nucleótidos o péptidos, calcule Tm de fragmentos seleccionados,% GC o determine dinámicamente la traducción de su selección en péptido y calcule el MW utilizando una interfaz compacta.
Serial Cloner también le permite construir un mapa de restricción de texto y formatearlo rápidamente para agregar traducción de múltiples cuadros o mostrar solo cortadores individuales, por ejemplo. Desde la versión 2.1, las características de secuencia son visibles en el mapa de secuencia.
El mapa gráfico de Serial Cloner es realmente gráfico, ya que puede seleccionar y extraer fácilmente un fragmento o mostrar un cortador simple, doble o múltiple, todo en la misma ventana. Todas las características se muestran en el mapa utilizando colores modificables por el usuario; las funciones pueden ingresarse manualmente, importarse de GenBank o encontrarse automáticamente después de escanear con Serial Cloner. El usuario puede definir y modificar la Colección de características a escanear, importando y exportando.
La versión 2.5 ahora permite abrir secuencias de proteínas, alinear secuencias de proteínas y traducir proteínas de forma inversa usando tablas de codones bia definidos.
Clonar en unos pocos clics:
Serial Cloner lo ayudará a configurar nuevos proyectos de subclonación y a preparar las versiones electrónicas de sus construcciones.
Además de los mapas de restricción clásicos, tanto gráficos como basados en texto, o las ventanas de uso del sitio, podrá extraer rápidamente una subsecuencia, ya sea en una selección o entre sitios de restricción, para crear un nuevo fragmento basado en PCR o sintético adaptadores Las construcciones de shRNA basadas en andamios predefinidos también están automatizadas. Finalmente, puede ensamblar fragmentos, obtenidos por PCR, síntesis de adaptador / shRNA o simplemente seleccionando gráficamente fragmentos entre sitios de restricción. Simplemente seleccione, contundente si lo necesita, y haga clic en el botón Ligate. Una interfaz adicional permite la clonación fácil de Gateway (tm) para las reacciones BP y LR. Finalmente, Serial Cloner proporciona una interfaz para alinear dos secuencias usando un algoritmo local o el servidor BLAST2Seq NCBI. Las características ahora son visibles cuando se alinean localmente. También encontrará una interfaz de administración de la biblioteca de enzimas de restricción, herramientas adicionales, como un navegador web para la importación directa de entradas de NCBI y EMBL, un cortador virtual para preparar análisis de restricción o un generador de mapas de restricción silencioso para encontrar cómo introducir sitios de restricción sin modificar el péptido traducido también se proporcionan. También es posible enviar directamente una solicitud BLAST al NCBI y obtener el resultado dentro de una interfaz web. Serial Cloner 2.5 ahora permite importar tablas de frecuencias de codones desde Internet mediante una interfaz web. También permite generar secuencias de sentido y antisentido que se obtienen después de la conversión de bi-sulfito.
