Encuentre y extraiga fácilmente reacciones químicas específicas de la base de datos de BioModels con SBML Reaction Finder.
SBML Reaction Finder recupera y extrae reacciones químicas individuales de los modelos SBML seleccionados.
Los modeladores biológicos que desean construir modelos de redes químicas utilizando componentes de un repositorio de reacciones publicadas existentes pueden usar esta herramienta para acceder a las miles de reacciones individuales en el repositorio de BioModels.
SBML Reaction Finder es de código abierto y es parte del enfoque modular y semántico basado en el grupo SBP para el modelado de biosimulación. El Dr. Herbert Sauro, del Departamento de Bioingeniería de la Universidad de Washington, guió su desarrollo.
Para recuperar reacciones individuales de interés, el SBML Reaction Finder busca una base de conocimiento personalizada, codificada en el lenguaje de ontología web (OWL), que almacena las anotaciones biológicas, identificadores únicos y afiliación del modelo fuente para cada reacción en BioModels. Aunque SBML Reaction Finder sería lo suficientemente expresivo como para capturar la información en nuestra base de conocimiento, elegimos usar OWL para que, a medida que la herramienta crezca en sofisticación, tengamos la oportunidad de explorar el razonamiento automatizado como un medio para mejorar la recuperación y extracción de modelos. En el momento de la preparación del manuscrito, la base de conocimiento de la SRF contenía un total de 6.533 reacciones, 5.648 (86%) de las cuales están asociadas con un término GO, ya sea a través de anotaciones directas contra GO o mediante referencias cruzadas de números de la Comisión de Enzimas. Cada vez que el usuario realiza una búsqueda con el SBML Reaction Finder, el programa busca coincidencias de patrones en los nombres e ID de las reacciones en esta base de conocimiento, los nombres y sinónimos preferidos de cualquier anotación GO, los nombres de sus modelos principales y los nombres y sinónimos del taxón en el que ocurren. Los usuarios pueden actualizar esta base de conocimiento en cualquier momento para asegurarse de que están buscando en la versión más actualizada de la base de datos BioModels. La herramienta de actualización SBML Reaction Finder utiliza los servicios web BioModels, UniProt, BioPortal y BRENDA para recopilar todos los modelos SBML seleccionados en el repositorio, clasificar sus reacciones de acuerdo con sus anotaciones GO y almacenar los nombres legibles por humanos de estas anotaciones para una recuperación más fácil de reacciones individuales Al extraer una sola reacción, el SBML Reaction Finder utiliza la base de conocimiento para encontrar el modelo de origen de la reacción y la identificación única.
Caracteristicas de SBML Reaction Finder:
- Autosuggest para términos de ontología génica
- La función de actualización garantiza el acceso a la última versión del repositorio de BioModels
